公路是唯一进出甘南自治州的交通方式，主要公路有南北贯穿自治州连接临夏和四川的国道213，以及东西贯穿自治州连接青海和陇南地区的省道310、311、312、313。
兰州汽车南站营运开往甘肃南部的班车，直达夏河、郎木寺、玛曲、迭部等市镇。
合作市作为自治州首府有去往兰州、临夏、定西、武都、阿坝、西宁等地班车。

汽车站(北站)
合作--兰州　5：50-16：04 全天间隔35分钟发车 共27辆
合作--夏河　6：30-16：55 全天间隔30分钟发车 共29辆
合作--临夏　6：40-18：00 全天间隔20分钟发车 共36辆
合作--西宁　6：30 发车 每天发车1辆
合作--定西　8：40 发车 每天发车1辆 

汽车站(南站)
合作--兰州　5：50-16：04 全天间隔35分钟发车 共27辆
合作--夏河　6：30-16：55 全天间隔30分钟发车 共29辆
合作--临夏　6：40-18：00 全天间隔20分钟发车 共36辆
合作--西宁　6：30 发车 每天发车1辆 

合作市北至临夏105千米，至兰州260千米，至西宁331千米，至塔尔寺365千米。
南至松潘经朗木寺394千米(松潘到黄龙59千米，到九寨114千米)，至阿坝583千米。
东北至定西301千米，至陇西321千米。
东至武都经迭部480千米。